La cripta della Basilica San Panfilo è la parte più antica della chiesa, costituita dalle tre absidi semicircolari, risalente al restauro del vescovo Trasmondo. Si ritiene che le colonne laterali con fusto monolitico in pietra calcarea, risalgano al X secolo; mentre la parte perimetrale delle absidi è diversa dal nucleo interno. L'ambiente occupa lo spazio della zona presbiteriale superiore, ripartito in tre navate con 16 colonne, ridotte poi a 14 per la costruzione dell'altare seicentesco di San Panfilo.